Les eaux figurent parmi les écosystèmes les plus éloignés de leur état naturel. La politique suisse en matière de protection des eaux vise à revaloriser les cours d’eau et les rives lacustres par la délimitation d’un espace suffisant autour des eaux, la mise en œuvre de mesures de revitalisation et la diminution des atteintes écologiques induites par l’utilisation de la force hydraulique.
Les mesures de renaturation s’effectueront sur plusieurs générations. Elles impliquent la réalisation de synergies entre la protection des eaux, la protection contre les crues, la préservation de la biodiversité et la valorisation des eaux comme aires de détente.
La réservation d’un espace suffisant autour des eaux, la mise en œuvre de mesures de revitalisation et la diminution des atteintes écologiques induites par l’utilisation de la force hydraulique forment un tout et incombent essentiellement aux cantons et aux propriétaires des installations hydroélectriques.
L’OFEV met à la disposition des cantons et des exploitants des centrales hydroélectriques des aides à la planification.
Les mesures de revitalisation contribuent à recréer des milieux aussi naturels que possible. La valorisation écologique permet de restaurer les fonctions naturelles des eaux endiguées ou rectifiées.
Les processus dynamiques à l’œuvre dans les cours d’eau naturels n’interviennent pas uniquement dans le lit des cours d’eau mais dans tout l’espace réservé aux eaux. Les cantons sont donc tenus de ménager un espace suffisant autour des eaux, qui ne peut faire l’objet que d’une exploitation extensive.
La libre migration des poissons sur l’ensemble des cours d’eau et la suppression des obstacles à leur continuum longitudinal figurent parmi les exigences inscrites dans la nouvelle loi sur la protection des eaux.
Les effets de l’exploitation par éclusées peuvent être atténués ou évités grâce à des mesures de construction ou d’exploitation. La loi sur la protection des eaux de 2011 prescrit la réalisation de mesures d’assainissement d’ici à 2030.
Le régime de charriage est perturbé par les centrales hydroélectriques, les aménagements réalisés sur les cours d’eau (p. ex. dépotoirs à alluvions) et les prélèvements industriels de gravier. Le régime de charriage perturbé peut être réactivé au moyen de diverses solutions techniques ou solutions d’exploitation. Il existe aujourd’hui plusieurs mesures éprouvées.