La libre migration des poissons sur l’ensemble des cours d’eau et la suppression des obstacles à leur continuum longitudinal figurent parmi les exigences inscrites dans la nouvelle loi sur la protection des eaux.
Lors de son cycle de développement, le poisson effectue de nombreux déplacements le long des cours d’eau, parfois sur de grandes distances. Les migrations les plus spectaculaires sont celles des espèces diadromes, dont le cycle de vie alterne des phases en eau douce et en mer. Les espèces anadromes comme l’esturgeon (Acipenser sturio), le saumon (Salmo salar), la truite de mer (Salmo trutta), la lamproie de rivière (Lampetra fluviatilis) ou l’alose (Alosa alosa) quittent la mer et remontent les rivières pour venir s’y reproduire. L’anguille (Anguilla anguilla), espèce catadrome, prend le chemin inverse: elle quitte les rivières pour aller se reproduire dans la mer des Sargasses.
A plus petite échelle, les espèces potamodromes comme la truite lacustre (Salmo trutta lacustris) ou certains corégones (Coregonus sp.) effectuent des migrations de reproduction entre lacs et rivières, parcourant parfois des distances considérables.
Si les migrations des espèces anadromes, catadromes et potamodromes sont particulièrement spectaculaires, il faut partir du principe que chaque espèce de poisson effectue des déplacements le long des cours d’eau. Ces mouvements vers l’amont et vers l’aval interviennent à différentes phases de développement et sont nécessaires à l’accomplissement de leur cycle de vie. Ils répondent à diverses fonctions ( ATV-DVWK 2004):
Ainsi, des espèces considérées comme sédentaires sont en fait capables d’effectuer des migrations, parfois sur de longues distances, et ce aussi bien vers l’amont que vers l’aval. La survie d’une population et, à long terme, la pérennité de l’espèce dépend intimement des possibilités de déplacement le long du cours d’eau principal et de ses affluents. En termes fonctionnels, on parle de «continuum longitudinal». Le rétablissement de la libre migration du poisson le long des cours d’eau aménagés (ainsi d’ailleurs qu’entre le cours d’eau principal et ses affluents) constitue une mesure fondamentale en matière de conservation des espèces. Elle n’est pertinente que là où des obstacles artificiels interrompent la circulation naturelle du poisson; rendre franchissable un obstacle naturel ne présente aucun sens du point de vue biologique et peut même être contre-productif en termes de biodiversité.
Tout ouvrage technique érigé artificiellement sur un cours d’eau (seuil, barrage, dépotoir, etc.) est en principe susceptible de compromettre le continuum longitudinal. Selon ses caractéristiques, il peut entraver, freiner, voire bloquer complètement la circulation du poisson. La problématique est particulièrement aiguë dans le cas des barrages qui cloisonnent totalement un secteur de cours d’eau.
Hefti D. 2012: Migration du poisson vers l’amont et vers l’aval à la hauteur des ouvrages hydroélectriques. Check-list Best practice. Office fédéral de l’environnement, Berne. Connaissance de l’environnement no 1210: 79 S.