Für die Planung der Renaturierungsaufgabe gemäss dem Gewässerschutzgesetz erstellen die Kantone für vier Themen eine strategische Planung: Revitalisierung und Sanierung Wasserkraft mit den drei Themen Fischwanderung, künstliche Abflussschwankungen und Geschiebehaushalt.
So sollen die Kantone die Revitalisierung ihrer Seeufer und Fliessgewässer auf strategischer Ebene langfristig planen und in der Folge mit geeigneten Revitalisierungsmassnahmen den Zustand der Gewässer verbessern. Die Kantone identifizieren diejenigen Gewässerabschnitte im beeinträchtigten Zustand, an denen mit Revitalisierungen ein grosser Nutzen für die Natur und Landschaft im Verhältnis zum voraussichtlichen Aufwand erzielt werden kann. Die Planung definiert zudem die Massnahmentypen und legt die Fristen zur Umsetzung der Massnahmen fest. Die Kantone erneuern die Planung alle 12 Jahre für einen Zeitraum von 20 Jahren. Das BAFU beurteilt, ob die Berichte den gesetzlichen Anforderungen entsprechen.
Die Planung zur Sanierung Wasserkraft wurde einmalig 2014 durch die Kantone erstellt. Es wurde ermittelt, welche Gewässer durch Wasserkraftanlagen so beeinflusst sind, dass die dort lebenden Tiere und Pflanzen wesentlich beeinträchtigt sind. Als wichtigstes Resultat dieser kantonalen Planungen wurden die Anlagen bestimmt, die zur Beseitigung der Defizite saniert werden müssen. Schweizweit sind das etwa:
Einzelne Module der Vollzugshilfe «Renaturierung der Gewässer» zeigen ein zweckmässiges Vorgehen auf, wie die Anforderungen der Gewässerschutzgesetzgebung bezüglich der Planung der Renaturierungsmassnahmen erfüllt werden können.