Les revitalisations doivent rétablir la structure naturelle, la dynamique et la connectivité longitudinale des cours d’eau sur les tronçons dégradés. Dans ce but, la Confédération a prévu un budget annuel de 40 millions de francs servant à subventionner des projets de revitalisation à hauteur de 35 à 80 %, le solde étant pris en charge par les cantons, les communes ou des tiers (p. ex. des associations de protection de l’environnement ou des fonds). La revitalisation est une tâche dont la réalisation s’étale sur plusieurs générations (horizon de mise en oeuvre de 80 ans). Le budget alloué par la Confédération permet de procéder à la valorisation écologique d’environ 4’000 km de cours d’eau.
Pour identifier les tronçons sur lesquels les revitalisations seront le plus profitable à l’écologie en comparaison de leur coût, les cantons ont été invités à présenter une planification stratégique dans laquelle ils ont localisé les endroits où l’intérêt écologique est le plus élevé au regard de l’investissement, ainsi que les tronçons à revitaliser au cours de 20 prochaines années. Le niveau d’intérêt écologique est un élément important des planifications cantonales, vu qu’il détermine le montant des subventions fédérales allouées aux projets de revitalisation : le taux de subvention minimum est de 55 % si l’intérêt écologique est élevé et de 45 % si l’intérêt écologique est moyen. D’autres taux de subvention additionnels sont définis pour les projets réservant davantage d’espace aux eaux.
Sur l’ensemble des projets, la Confédération vise un taux de subvention moyen de 65 %. Contrairement aux planifications d’assainissement de la force hydraulique, la mise en oeuvre des planifications de revitalisation est basée sur des incitations financières et sur l’obligation fondamentale de revitaliser.
Les planifications de revitalisation couvrent une période de 20 ans et doivent être mises à jour tous les 12 ans. Le financement se fonde sur les conventions quadriennales conclues avec les cantons (conventions-programmes) ; ce processus permet de soutenir la réalisation de projets concrets. La mise en oeuvre des planifications de revitalisation s’effectue ainsi progressivement, dans le cadre d’un dialogue étroit entre la Confédération et les cantons.