La loi fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux (LEaux, RS 814.20) contraint les détenteurs de centrales hydroélectriques à prendre des mesures de construction pour empêcher ou éliminer les atteintes graves que des variations subites et artificielles du débit d’un cours d’eau (éclusées) portent à la faune et à la flore indigènes et à leurs biotopes. À la demande du détenteur, il est possible de recourir à des mesures d’exploitation. Selon l’art. 41e de l’ordonnance sur la protection des eaux (OEaux, RS 814.201), les éclusées portent gravement atteinte à la faune et à la flore indigènes et à leurs biotopes, lorsque le débit d’éclusée d’un cours d’eau est au moins 1,5 fois supérieur à son débit plancher et que la taille, la composition et la diversité des biocénoses végétales et animales typiques de la station sont altérées. Il n’y pas d’atteinte grave lorsqu’une seule de ces conditions est remplie. Les mesures d’assainissement sont définies en fonction de la gravité des atteintes, du potentiel écologique du cours d’eau, de la proportionnalité des coûts, des intérêts de la protection contre les crues et des objectifs de politique énergétique en matière de promotion des énergies renouvelables (art. 39a, al. 2, LEaux).
L’obligation d’éviter ou d’éliminer les atteintes graves dues aux éclusées s’applique aussi bien aux centrales hydroélectriques existantes qu’aux nouvelles installations.
Dans le cas d’installations existantes ou d’une nouvelle concession sans agrandissement, l’obligation de prendre des mesures afin d’éliminer les atteintes constatées dues aux éclusées se fonde sur l’art. 83a LEaux, qui ordonne que les installations existantes provoquant des éclusées soient assainies conformément aux exigences de l’art. 39a LEaux dans un délai de 20 ans. Ce délai échoit le 31 décembre 2030.
Selon l’art. 83b, al. 1, LEaux, les cantons sont tenus de planifier les mesures requises pour éliminer les atteintes dues aux éclusées provoquées par des installations existantes et de fixer les délais de leur mise en oeuvre. Sur la base de sa planification stratégique, le canton propose des mesures d’assainissement envisageables aux détenteurs de centrales. Dans les bassins versants s’étendant sur plusieurs cantons, la coordination des mesures doit être assurée non seulement au niveau du canton, mais aussi, conformément à l’art. 46, al. 1, OEaux, sur le plan intercantonal.
Les détenteurs d’installations contraints de procéder à un assainissement sont tenus d’étudier diverses variantes de mesures (art. 41g, al. 1, OEaux). Dans le bassin du cours d’eau concerné, les mesures d’assainissement doivent être coordonnées entre elles, de même qu’avec d’autres mesures de protection des eaux (art. 39a, al. 3, LEaux en relation avec l’art. 46, al. 1, OEaux). Le canton détermine ensuite pour chaque installation la mesure la plus avantageuse parmi celles préparées par les détenteurs (la meilleure variante) et charge les détenteurs d’élaborer le projet de construction correspondant. Avant de rendre sa décision concernant le projet d’assainissement, le canton consulte l’OFEV (art. 41g, al. 2, OEaux).
Pour des explications détaillées concernant le calcul des coûts imputables, nous renvoyons au module «Assainissement écologique des centrales hydrauliques existantes – Financement des mesures requises» (OFEV 2016) (appelé ci-après module « Financement ») ainsi qu’à l’ordonnance du DETEC du 11 mars 2016 concernant le calcul des coûts imputables des mesures d’exploitation visant à assainir des centrales hydroélectriques (Ocach, RS 730.014.1).
Lors du renouvellement d’une concession avec agrandissement (tel l’accroissement du volume turbiné dans une centrale à accumulation) ou d’une nouvelle concession (nouvelle installation), le projet doit, conformément à l’art. 39a LEaux, prévenir les futures atteintes dues aux éclusées provoquées par l’exploitation de la centrale agrandie ou la nouvelle installation. Dans le cas d’un projet d’agrandissement, l’indemnisation ne portera par conséquent que sur la partie des mesures qui servent à éliminer les atteintes préexistantes (art. 34 de la loi du 30 septembre 2016 sur l’énergie [LEne, RS 730.0]).
Dans le cadre de l’assainissement d’installations existantes, les détenteurs de centrales doivent, sur ordre de l’autorité, vérifier l’efficacité des mesures prises pour atténuer les éclusées (art. 41g, al. 3, OEaux). Ce contrôle fait partie intégrante de la planification des mesures et doit être pris en compte dans l’élaboration du projet, en particulier dans l’estimation des coûts. Les cantons sont tenus de présenter tous les quatre ans à la Confédération (la première échéance est fixée à fin 2018) un rapport sur les mesures appliquées (suivi de la mise en oeuvre) et sur leurs effets (évaluation des effets ; art. 83b, al. 3, LEaux).
Un suivi des résultats s’impose également dans le cas de nouvelles installations. Aux termes de l’art. 46, al. 1, de la loi fédérale du 7 octobre sur la protection de l’environnement (LPE, RS 814.01), les détenteurs de centrales sont tenus de procéder aux enquêtes requises pour vérifier l’efficacité des mesures. Le suivi des résultats doit par ailleurs respecter le principe de la proportionnalité. Il incombe aux cantons de fournir des informations sur les mesures prises et sur leur efficacité pour la protection des eaux (art. 50 LEaux, art. 49, al. 2, OEaux).
Si le suivi des résultats révèle que les mesures choisies ne permettent pas d’atteindre les objectifs fixés, le droit d’ordonner d’autres mesures pour éliminer les atteintes graves existantes aux milieux aquatiques demeure réservé.