La libre migration des poissons est une exigence légale inscrite dans la loi fédérale du 21 juin 1991 sur la pêche (LFSP ; RS 923.0). Les prescriptions de la Confédération concernent l’ensemble de la faune piscicole (toutes les espèces) et s’appliquent aussi bien à la migration vers l’amont (montaison) que vers l’aval (dévalaison). Lors de toute intervention technique sur un cours d’eau, les possibilités de migration du poisson doivent donc être garanties dans les deux sens.
La marche à suivre pour la réalisation des mesures d’assainissement visant à restaurer la migration du poisson au niveau des installations existantes en vertu des art. 9 et 10 LFSP est précisée dans l’art. 83 OEaux et l’annexe 4 OLFP. L’exigence d’assainissement concerne toutes les installations qui entravent la migration piscicole. Selon l’art. 9 LFSP, les autorités compétentes pour accorder les autorisations concernant les nouvelles installations doivent imposer toutes les mesures propres à « assurer la libre migration du poisson » (art. 9, al. 1, let. B LFSP).
En vertu de l’art. 83b, al.1 LEaux et de l’art. 9 LFSP, les cantons sont tenus de planifier les mesures visant à assurer la migration du poisson au niveau des installations existantes et de fixer des délais pour leur mise en œuvre. Ils planifient les mesures et fixent les délais pour leur réalisation selon les prescriptions de l’art. 83b LEaux. La loi exige des cantons qu’ils remettent leur planification le 31 décembre 2014 au plus tard (et le rapport intermédiaire avant le 31.12.2013) et qu’ils présentent tous les quatre ans à la Confédération un rapport sur les mesures mises en œuvre.
Dans le cadre de l’assainissement des installations visant à restaurer la libre migration du poisson exigé à l’art. 10 LFSP, un dédommagement de différents coûts générés lors de la planification et de la mise en œuvre des mesures décidées est prévu. Ces dépenses ne sont en général remboursées qu’après la réalisation des mesures. Dans certains cas, un dédommagement partiel est possible avant cette échéance. La loi exige des cantons qu’ils fixent des délais pour la réalisation des mesures et ce, en fonction de l’urgence de l’assainissement (annexe 4, al. 2 OLFP).
Lors de l’élaboration d’un projet d’assainissement, les détenteurs ou gérants des installations doivent également présenter au canton un concept de suivi de l’effet des mesures ainsi qu’une évaluation de ses coûts. Si le suivi montre que les mesures réalisées n’ont pas l’effet écologique prévu, le canton peut ordonner des mesures supplémentaires.